Bioinformatika di dunia budidaya

Bioinformatika merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekular. Pembahasan dibidang bioinformatik ini tidak terlepas dari perkembangan biologi molekular modern, salah satunya peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA.

Beberapa bioteknologi yang telah diaplikasikan pada bidang akuakultur adalah:

1. Teknologi ekspresi protein

Banyak produk sebagai contoh hormon, gonadotropin dan enzym telah digunakan dalam akuakultur. Ekspresi antigen untuk pengembangan vaksin mewakili pula kegiatan dalam bidang ini.

2. Mikrosatelit, RFLP, Analisis QTL

Teknologi tersebut digunakan untuk identifikasi stok, seleksi dalam kegiatan breeding, dan mengidentifikasi gen yang penting dalam akuakultur seperti pertumbuhan dan resistensi terhadap penyakit. Pemetaan dan karakterisasi gen semakin dipermudah dengan adanya teknologi QTL (Quantitative Trait Loci).

3. Vaksin DNA

 

Kegiatan ini melibatkan pengunaan DNA untuk mengekspresikan antigen dalam inang sebagai bagian dari proses vaksinasi.  Ketika di uji tantang dengan virus IHNV, hampir 100% ikan dengan  perlakuan teknologi ini selamat dan perlakuan kontrol 85-90% mengalami kematian.

4. Chip DNA

Teknologi ini berkembang pesat dan telah diaplikasikan untuk ekspresi gen, pemetaan, penemuan gen, diagnosa genetik

5. Proteomics

Proteomic adalah ilmu yang mempelajari sifat protein. Sebagai contoh untuk mengetahui proses yang menyebabkan penyakit, meneliti proses-proses dalam sel, networking pada skala protein. Teknologi ini bisa mengidentifikasi protein yang dapat berperan untuk penemuan obat, theurapeutics dan lainnya.

6. Teknologi Transgenik

 


Dalam bidang akuakultur teknologi ini berguna untuk meningkatkan laju pertumbuhan ikan, mengatur kematangan gonad, diferensiasi sex dan sterilitas, meningkatkan resistensi terhadap pathogen, mengadaptasi ikan terhadap lingkungan baru, merubah karakteristik biokimia dari daging ikan sehingga menciptakan rasa daging yang diinginkan, mengubah jalur metabolisme sehingga terjadi efisiensi pakan.

sumber: http://teknologihasilperikanan-unsri.blogspot.com
              http://akuakultur.wordpress.com/2006
              http://kingsley.stanford.edu/
              http://www.proteomicstraining.org/NHLBI_main.htm

Artikel NCBI (National Centre for Biotechnology Information)

NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merpakan suatu institusi yang konsen sebai sumber informasi perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik, merangsang riset biologi terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data genome, dan menyebarkan informasi biomedical yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya.

Lingkungan budidaya yang semakin menurun dapat melahirkan bakteri patogen baru bahkan virus yang nantinya dapat menyerang organisme budidaya itu sendiri. Bila hal tersebut terjadi maka akan menjadi suatu musibah bagi pelaku budidaya, karena obat atau vaksin untuk mengatasi penyakit tersebut belum diketahui. Salah satu solusi untuk mengetahui jenis penyakit apa yang menyerang organisme budidaya yaitu dengan test PCR (Polymerase Chain Reaction). Test PCR dapat mengetahui jenis penyakit dengan cara memperbanyak sekuen DNA dan RNA dari sampel yang diamati. Setelah diketahui susunan DNA dari sampel itu kemudian dicocokan kedalam database yang terdapat dalam NCBI (National Centre for Biotechnology Information) untuk mengetahui jenis dari bakteri atau virus yang menyerang organisme budidaya. Penerapan PCR dengan NCBI termasuk dalam bioinformatika.

Bioinformatika adalah (ilmu yang mempelajari) penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens  DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen. Sedangkan NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan server yang memuat data base tentang informasi kesehatan dan bioteknologi. Data base terus menerus di update sesuai dengan penemuan-penemuan terkini yang menyangkut DNA, Protein, Senyawa aktif dan taksonomi. NCBI merupakan salah satu bank data gen, protein dan literature khususnya dibidang kesehatan yang terlengkap dan diacu oleh para peneliti di dunia.

Beberapa journal penelitian dapat diakses pada database NCBI melalui Pubmed maupun Pubmed central.  PubMed adalah sebuah layanan dari National Library of Medicine, yang menyertakan lebih dari 20 juta kutipan untuk artikel-artikel biomedis sejak tahun 1950-an hingga kini. Kutipan-kutipan itu dari MEDLINE dan tambahan dari jurnal-jurnal sains kehidupan. PuMed menyertakan link ke banyak situs yang menyediakan teks lengkap dari artikel tersebut dan sumber-sumber yang berhubungan. PubMed Central (PMC) adalah tempat arsip digital jurnal bebas/gratis yang disediakan oleh Institut Kesehatan Nasional AS (National Institutes of Health-NIH) yang menyediakan literatur ilmiah di bidang biomedik dan ilmu hayat.

Misal : Beberapa jurnal yang digunakan untuk referensi dalam penulisan tesis yang ditelusuri melalui data base pubmed.

              Manfaat penerapan database NCBI yaitu mempermudah mengelola data dan mendapatkan referensi yang akurat untukmendukung penelitian yang sedang dilakukan. Cara penggunaan atau aplikasi NCBI sangat mudah, yaitu dengan meng-klik link yang sesuai dengan informasi yang dibutuhkan. Selain itu juga telah banyak panduan – panduan cara penggunaan NCBI yang dapat di download secara cuma-cuma.

            Menteri riset dan teknologi telah memetapkan lahan seluas 600 Ha di pulau Batam, Riau sebagai pusat pengembangan bioteknologi. Pengembangan proyek yang diperkirakan menelan dana lebih dari Rp. 1 triliun ini diharapkan selesai pada tahun 2007.

               “proyek tersebut pertama di Indonesia dan dunia dan merupakan tuntutan dari para peneliti yang selama ini telah menggeluti masalah Bioteknologi yang diharapkan dapat membawa dampak positif bagi pembangunan bioteknologi nasinal”, kata penasehat Menristek, rahmat Ismail, kepada GATRA Pembangunan Bioteknologi itu kelak juga menjalin kerjasama dengan para ahli Bioteknologi internasional dalam usaha meningkatkan kualitas dan kuantitas berbagai pertanian nasional.

Sumber:  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

     http://wap.gatra.com/2002-08-30/artikel.php?id=20176
                http://andiuntunk.blogspot.com

     http://wanenoor.blogspot.com

Bait Duka Dibawah Do'a

Menangislah……….

Semoga basahan air mata sederas hujan tadi malam

Ketika kita membasuh luka dengan terbata

Dibawah gigil dedaunan

Larutan saja…………

Larutjan kesedihan kita dukamu akan lukaku

Aku hendak berkemas menuju jauh pengembaraan

Patahan doa yang bermalam engkau jejalkan

Rasanya cukup untuk kuhirup sebagai bekal

Meski aku belum mengerti securam apa pendakian harus kulalui

Aku tak ingin menyerah

Tak hendak mengaku kalah

Ini jelma pemahaman akan akhir perjalanan

Tentu perempuanku

Tentu aku rindu

Pada tasbih yang terlafazkan

Pada ayat-ayat yang terlantunkan

Pada sujud yang tak letih kita lengkungkan

Semuda ini kebersamaan…..

Itu saja yang kuratapi

Betapa pada berpuluh malam kerap nafsu terabaikan

Kini……. Ketika takdir tak lagi banyak memberi waktu

Tak ada lagi sisa mimpi untuk kurupa sebagai janji

Aku menuju hilang

Tak ada yang bisa kuwariskan

Selain kenang tak sempurna akan malam-malam sederhana






Lutfi Adam